La limpieza megasónica trabaja a frecuencias muy superiores a las de los ultrasonidos convencionales. Resuelve un problema concreto: eliminar partículas submicrométricas de superficies que resultarían dañadas por la cavitación de baja frecuencia.
La diferencia física es decisiva. En la cavitación ultrasónica convencional, las burbujas implosionan con energía suficiente para desprender suciedad intensa, pero también para provocar picaduras en metales blandos, erosionar recubrimientos y dañar detalles finos. La energía megasónica ejerce una acción mucho más suave que retira partículas finas sin ese impacto. Por ello se utiliza en obleas, superficies ópticas y otras aplicaciones con límites estrictos de partículas y superficies delicadas.
No sustituye a la limpieza por ultrasonidos: no elimina aceites de mecanizado ni grasas pesadas. En la práctica se integra al final del proceso, después de que la limpieza convencional haya retirado la mayor parte de la suciedad.